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L'Unité des Arbovirus et Virus des Fièvres Hémorragiques abrite le Centre de Référence OMS sur la recherche des Arbovirus et des virus des Fièvres hémorragiques Virales (CRORA) qui traite des milliers de prélèvements par an dans le cadre de la surveillance des arbovirus et des épidémies.. L'Unité étudie principalement la circulation des arbovirus chez les vecteurs et les hôtes vertébrés. Elle étudie l'épidémie iranienne du virus de la fièvre de Crimée-Congo en collaboration avec l'Institut Pasteur d'Iran. Elle a également entrepris un programme national de lutte contre la rage et démarré des programmes spécifiques sur le virus de la Dengue 2 pour explorer le potentiel épidémique et de variabilité chez le moustique des souches autochtones (pôle épidémiologie moléculaire) et les réservoirs forestiers. Des anticorps monoclonaux continuent d'être recherchés contre les virus de la fièvre jaune et de la Fièvre de la vallée du Rift (pôle hybridomes). Pour les programmes concernant l'épidémiologie moléculaire voir le pôle correspondant (Amadou Sall, pôle épidémiologie moléculaire actuellement en mobilité à l'Institut Pasteur de Phom-Penn) Pour les programmes des Hybridomes voir le pôle correspondant (Mbayame Niang pôle hybridomes). Les activités de surveillance des infections humaines se font en collaboration avec le Service National des Grandes Endémies, les programmes de terrain bénéficient de collaborations avec le Laboratoire IRD de Zoologie Médicale de Dakar (captures de culicidés et rongeurs) et l'Institut Sénégalais de Recherches Agricoles (suivi vétérinaire des troupeaux sentinelles) , le traitement des données bénéficie de l'apport de l'Unité d'Epidémiologie de l'IPD. La très grande part des travaux entomologiques, sur le terrain ou au laboratoire, ont été réalisées par l'équipe d'entomologistes de l'Institut Pasteur. Le meilleur exemple du travail accompli par l'unité et le CRORA est la déclaration et le suivi de l'épidémie de fièvre jaune qui sévit au Sénégal depuis la mi-septembre 2002.
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