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La thématique principale du Laboratoire de Bactériologie Expérimentale est la connaissance des bactéries pathogènes entériques et la lutte contre les maladies diarrhéiques ; autour de cette thématique, les axes de recherche suivants sont actuellement développés :
Chez l'enfant, nos travaux ont mis en évidence pour la première fois le rôle important des Escherichia coli agents d'entérites dans les diarrhées aigües infantiles à Dakar et en zone rurale sénégalaise. Chez l'adulte infecté par le VIH, nos travaux ont permis une meilleure connaissance des étiologies et ont permis de mettre au point un algorithme de prise en charge des diarrhées au cours du SIDA à partir de données épidémiologiques actualisées
Un nouveau ribotype de Vibrio cholerae La diversité phénotypique des souches du vibrion cholérique étant assez limité (trois sérotypes, deux biotypes), es techniques conventionnelles n'ont pas un pouvoir discriminant suffisant pour distinguer les différentes souches épidémiques. L'application des méthodes de biologie moléculaire à la caractérisation des bactéries a ouvert des perspectives nouvelles pour l'identification bactérienne à tous les niveaux taxonomiques, y compris le niveau infraspécifique. Les souches de Vibrio cholerae isolées lors de la dernière épidémie de choléra survenue au Sénégal en 1994 ont été caractérisées sur les plans phénotypique et gènotypique. L'étude du profil de restriction des gènes codant pour les ARN ribosomaux (ribotypie) a montré que cette épidémie était causée par un nouveau ribotype de Vibrio cholerae. Ce nouveau ribotype, que nous avons baptisé B27, est entré au Sénégal par sa frontière sud, après avoir été à l'origine d'une épidémie en Guinée-Bissau quelques mois auparavant. Afin de caractériser les souches de manière plus fine, nous avons également recherché le profil de restriction des gènes de virulence de ces souches en utilisant comme sonde le plasmide PJM 17 dans lequel a été inséré un fragment de souche de Vibrio cholerae portant les gènes ctx, (Cholera Toxin), zot (Zonula Occludens Toxin) et ace (Accessory Cholera Enterotoxin). Nous avons ainsi démontré que le ribotype B27 était associé au toxinogènotype TB31 ; c'est également ce qui a été trouvé pour la souche provenant de l'épidémie de Guinée Bissau Un nouveau sérotype de Salmonella multirésistant Nous venons d'identifier un nouveau sérotype de Salmonella multirésistant qui a émergé quasi simultanément dans l'aliment et chez l'homme. Ce nouveau sérotype a été confirmé par les 3 laboratoires chargés d'homologuer les nouveaux sérotypes ( Paris, Hambourg et Atlanta) et figure dans la huitième édition (2001) du schéma de Kauffmann-White-LeMinor. Nous avons proposé le nom suivant pour ce nouveau sérotype de Salmonella : Salmonella enterica subsp. enterica sérotype Keurmassar. Un " nouveau " sérotype de Shigella Au cours de la phase d'évaluation de l'algorithme de prise en charge des diarrhées chez l'adulte infecté par le VIH, nous avons mis en évidence chez trois malades au stade SIDA, avec des taux de lymphocytes CD4 de 87,3 - 36 et 8 cellules/mm3, une souche de Shigella appartenant vraisemblablement à un nouveau sérotype. En effet, cette souche n'a été agglutinée par aucun des sérums agglutinants connus et provisoires disponibles dans notre laboratoire et au centre National de Référence des Salmonella et Shigella de l'Institut Pasteur à Paris (P. Bouvet). Ces souches sont en train d'être étudiées par une approche "sérotypie génétique" qui étudie les profils de restriction après amplification de la région "O" et amplification du gène codant pour la flagelline .
Caractérisation d'intégrons chez les bactéries agents de diarrhées au Sénégal La résistance aux antibiotiques s'est avérée un problème en
constante évolution touchant de plus en plus d'espèces et vis-à-vis
d'un nombre de plus en plus grand de molécules. La menace existe
dans les pays développés mais aussi dans les pays en voie de
développement où cohabitent l'automédication et la vente anarchique
d'antibiotiques en dehors des structures légales. Principaux résultats La recherche d'intégrons a été réalisée par amplification
génique par la méthode PCR à l'aide d'amorces spécifiques des
gènes intI1, intI2 et intI3. La caractérisation
des cassettes a été effectuée par PCR et séquençage. Les résultats
préliminaires que nous avons obtenus portent sur 73 souches
bactériennes : 30 souches de Shigella dont 14 S. flexneri,
13 S. dysenteriae A1 et 3 S. sonnei,
25 souches de Escherichia coli entéroaggrégatifs (EaggEC),
10 souches de Escherichia coli entéroinvasifs (EIEC),
8 souches de Salmonella Keurmassar (dont une d'origine
animale). La fréquence élevée des cassettes dfr est la conséquence de l'utilisation intensive du triméthoprime associé aux sulfamides largement utilisé dans le traitement des diarrhées au Sénégal. La découverte récente de super-intégrons hébergeant une centaine de cassettes dont certaines codent pour des fonctions différentes de la résistance aux antibiotiques (fonctions biochimiques, facteurs de virulence) suggère en fait un rôle plus large des intégrons qui seraient impliqués dans l'évolution des génomes bactériens et l'adaptation des espèces. Typage moléculaire des bactéries agents d'entérites RAPD Génomique comparative de souches de Escherichia coli pathogènes et non pathogènes Cette étude a été entreprise dans notre laboratoire dans le cadre d'un Programme transversal de recherche (PTR) associant l'Institut Pasteur à Paris et 3 instituts du réseau international des instituts Pasteur (Dakar, Bangui et Bucarest). Les objectifs de ce programme sont :
Tous droits réservés - Institut Pasteur de Dakar
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AMELIORATION DE LA PRISE EN CHARGE THERAPEUTIQUE DES DIARRHEES
chez l'enfant et l'adulte infecté par le VIH :