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Thématiques


Les recherches effectuées au sein de l'unité des arbovirus portent sur un thème principal à savoir les mécanismes d'émergence et de maintien des arbovirus et virus des fièvres hémorragiques et s'appuient sur trois plateaux (Sérologie, biologie moléculaire et Isolement/identification). Quatre axes de recherche sont développés.

Thématique 1: Développement et amélioration du diagnostic des AVHF
L'objectif de cet axe de recherche est de disposer d'outils performants et adaptés pour détecter les émergences afin de mieux en étudier les déterminants.

Projet 1 : Développement de tests rapides de diagnostic de terrain, pour la prise en charge et le contrôle des épidémies de fièvre hémorragique virales en Afrique. Ce projet de recherche a pour objectif de développer et valider des outils de diagnostic rapide des fièvres hémorragiques virales (Ebola, Marbourg, fièvre jaune, fièvre de la vallée du rift, fièvre de lassa, fièvre hémorragique de Crimée Congo et dengue) sévissant en Afrique. Il propose i) un test sérologique de première ligne pour détecter les premiers cas d'une épidémie et ii) une technique de détection du génome viral par RT-PCR sur une plateforme mobile afin d'appuyer les équipes d'investigation et de prise en charge des cas.

Projet 2 : Plateforme de diagnostic multiparamétrique et à haut débit pour les virus de fièvres hémorragique; Financé dans le cadre des Programmes Transversaux de Recherche (PTR), l'objectif principal du projet est de mettre au point des outils de diagnostic multiparamétrique à l'aide de la cytométrie en flux utilisant des microbilles (CMF).

Projet 3 : Outil de diagnostic sérologique pour la différenciation des anticorps sauvage et vaccinale de la fièvre jaune. Financé dans le cadre des Programmes Transversaux de Recherche (PTR), l'objectif de ce programme est de développer des tests sérologiques utilisant des protéines recombinantes, de techniques de cytométrie de flux et d'agglutination permettant de différencier la réponse naturelle à une infection par le virus sauvage de la fièvre jaune et de celle induite par une vaccination antiamarile.

Projet 4 : Développement de méthodes moléculaire pour la détection des virus Zika.et chikungunya : Le diagnostic des virus Zika (VZIK) et Chikungunya est souvent basé sur des méthodes sérologiques et virologiques nécessitant un long temps d'exécution avec des résultats parfois difficiles à interpréter du fait des réactions croisées. Des méthodes RT-PCR classique et temps réel ont été développé ont révélé 100 % de spécificité et des limites de détection 7.7 PFU/réaction et 8.75 PFU /réaction respectivement pour ZIK et CHIK82. Ces méthodes pourront être utilisées comme diagnostic différentiel et permettront d'étendre le panel de virus à tester en cas de suspicion d'arbovirose.

Thématique 2 : Interactions virus-vecteurs
Cet axe est développé en collaboration avec l'unité d'entomologie médicale et a pour but de comprendre les déterminants des interactions ainsi que ses conséquences sur le maintien (par la transmission verticale par exemple) ou l'émergence par l'adaptation à un nouveau vecteur par exemple.

Projet 1 : Analyse de la variabilité moléculaire du virus de la dengue 2 au cours de son interaction avec le moustique Aedes aegypti. Des études ont montré que les souches épidémiques de dengue proviendraient des souches selvatiques par évolution. Afin de comprendre le rôle du moustique dans l'épidémisation du virus de la dengue 2, la multiplication et la variabilité génétique du virus ont été analysées chez des moustiques Aedes aegypti infectés au laboratoire. Cette étude nous a permis de montrer une faible réceptivité orale (3.3 %) du virus de la dengue 2 à l'espèce Aedes aegypti étudiée. L'analyse moléculaire de la protéine E Les a montré une perte du site de glycosylation Asn 153 au cours du passage oral du virus dengue 2 le moustique.

Projet 2 : Etude de la compétence vectorielle des virus Barkédji et Usutu chez Culex : Isolés par le centre collaborateur OMS au Sénégal, Ces deux virus font l'objet d'une étude de compétence vectorielle pour évaluer la capacité des vecteurs potentiels à multiplier et transmettre le virus. Ces expériences de transmission expérimentale bénéficient du soutien de l'unité d'Entomologie médicale.

Projet 3 : Etude de la compétence vetorielle du virus West Nile chez Culex : Ce projet fait l'objet d'un Post-Doctorat au sein de l'unité, en collaboration avec l'unité d'Entomologie médicale. L'objectif principal de ce projet est l'étude des interactions du VWN avec son vecteur sauvage (Culex neavei) et domestique (Culex quinquefasciatus). Pour cela (1) l'impact de la diversité des VWN en séquençant le génome complet des souches des lignées 1, 2, 8, et Koutango, (2) la compétence vectorielle des moustiques domestiques et sauvages, infectés par ces différentes souches de VWN et (3) le rôle de la glycolysation de la protéine E sur la réplication virale seront étudies.

Thématique 3 : Evolution moléculaire et phylogénie des AVFH
Cet axe de recherche qui bénéficie de la collection très riche (6000 souches et plus de 200 espèces) du Centre Collaborateur OMS pour la Recherche sur les AVHF (CRORA) utilise les méthodes phylogénétiques pour comprendre le rôle de la diversité des virus dans leur transmission, leur maintien et leur émergence. Quatre virus sont actuellement impliqués pour cette thématique : Zika, Usutu, le virus de la fièvre de la vallée du Rift et le virus du Nil Occidental.

Thématique 4 : Modélisation et évaluation des risques
Depuis 1970, un suivi annuel de la circulation des principaux arboviroses d'intérêt médical a été entreprise au Sénégal Oriental. De nombreuses souches appartenant à différentes espèces virales, notamment la fièvre jaune, dengue, Zika, West Nile, Rift Vallée... ont été obtenues à partir de populations de moustiques et primates. Les facteurs conduisant à leur émergence demeurent inconnus. Pour cette raison, nous avons développé différents programmes de recherches afin de mieux comprendre les mécanismes d'émergence de ces arboviroses.

Projet 1 : Modélisation et évaluation des risques d'émergence de la fièvre de la vallée du rift et du West nile (EDEN). Ce projet, financé par l'UE fait l'objet d'un consortium de 47 institutions et 24 pays et inclut une plate forme africaine à laquelle l'IPD participe. Les virus de la fièvre de la vallée du rift (RVF) et du nil occidental (WN) ont été sélectionnés au Sénégal. L'objectif global de la plate forme africaine est de mesurer des indicateurs virologiques, épidémiologiques, entomologiques et climatologiques pour comprendre comment l'interaction et l'intégration de ces différents paramètres permettent le maintien ou l'émergence des deux virus.

Projet 2 : Mécanismes d'émergence des virus de la Dengue et Chikungunya dans la région de Kédougou. Ce projet est financé par NIH. L'objectif principal est de comprendre les mécanismes génétiques et écologiques impliqués dans les changements d'hôtes et permettant à des virus transmis par les arthropodes ou responsables de zoonoses, d'émerger de leur contexte naturel et de causer des maladies dans les populations humaines

 
 
 
 
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