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Veille microbiologique

Recherche et caractérisation des pathogènes entériques non répertoriés

Dans le cadre de la recherche et caractérisation des pathogènes entériques non répertoriés, nous avons identifié 02 souches de Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae isolées en culture pure de patients diarrhéiques. L'étude de la sensibilité des souches aux antibiotiques a montré une multirésistance vis- à -vis de l'amoxicilline (CMI : 128µg/ml), de l'amoxicilline-acide clavulanique (CMI : 64µg/ml), de la ticarcilline (CMI : 256µg/ml), du cotrimoxazole (CMI : 256µg/ml), de la tétracycline (CMI : 256µg/ml), du chloramphénicol (CMI : 8µg/ml), de l'ofloxacine (CMI : 64µg/ml) et de la ciprofloxacine (CMI : 64µg/ml) ; nous n'avons pas trouvé de BLSE.

L'étude du support génétique de ces résistances a permis de détecter les gènes bla TEM-1, cat1, tetB et qnrS, codant respectivement la résistance à l'ampicilline, au chloramphénicol et aux quinolones ; des intégrons de classe 1 et 2 ont été retrouvés chez les deux souches. La caractérisation des intégrons de classe 1 a permis de détecter une organisation atypique (oxa30-aadA1-IS1) de la région variable retrouvée par ailleurs chez des souches de Shigella flexneri et S. dysenteriae. Les intégrons de classe 2 montraient une organisation classique identique à celle décrite sur le transposn Tn7 (drfA1-sat-aadA1-orfX).
La présence du même type d'intégron chez Shigella laisse penser que les souches de Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae ont acquis l'intégron de classe 1atypique de même que les autres déterminants de la résistance, par transfert conjugatif de gènes, échanges génétiques facilités dans le tube digestif.
Afin de vérifier si les résistances étaient transférables, nous avons réalisé des expériences de conjugaison. Ces dernières ont permis de mettre en évidence des transconjugants. L'extraction plasmidique a montré que les souches de même que les transconjugants contenaient un plasmide de taille >100kb; L'analyse plasmidique des transconjugants confirmait le transfert de tous les gènes de résistance ainsi que les intégrons de classe 1 et 2, ce qui suggère une localisation plasmidique de ces déterminants de la résistance.
Nous nous sommes ensuite intéressé à la pathogénicité de ces souches. Il est bien établi que la virulence des bactéries est associée à la capacité à extraire le fer de l'hôte. Plusieurs systèmes de captation du fer ont été décrits parmi lesquels les sidérophores, la protéine Fur, (ferric uptake regulation), le système fec. L'identification de marqueurs (tetB, cat, et oxa30-aadA1-IS1) présent sur l'ilôt de pathogénicité de Shigella (SRLPAI :un locus chromosomique de multirésistance décrit chez S. flexneri 2a YSH6000) qui porte par ailleurs un système de captation du fer appelé « ferric dicitrate uptake system » (Fec IRABCDE), chez les souches de Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae, nous a amené à rechercher un des marqueurs du système fec : le gène fecA. L'identification du gène fecA chez ces souches de Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae suggère que ce dernier serait acquis par le même mécanisme qui aurait permis à ces souches d'acquérir les intégrons de classe 1 et 2 et les autres gènes de résistance aux antibiotiques c'est à dire par transfert conjugatif. On pourrait donc penser que le gène fecA serait à l'origine de la virulence des souches de Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae. La présence de tous les marqueurs du SRLPAI retrouvés Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae, laisse penser qu'un transfert horizontal de gènes s'est probablement produit entre les souches de Shigella et celles de Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae..
Cette étude est un exemple du rôle de ces éléments génétiques mobiles dans le processus d'évolution des génomes bactériens. (Amy Gassama-Sow, Mamadou Hadi Diallo, Abdoul Aziz Wane, Abdoulaye Seck, Bissoum Samb-Ba, Papa Salif Sow, Awa Aïdara-Kane. 2010. Genetic determinants of antibiotic-resistance of diarrheagenic Klebsiella pneumoniae subsp ozaenae isolates: an emerging enteropathogen in Senegal (Sub- saharan Africa). Clin Infect Dis. 2010; 50 (3):453-5).
 
 
 
 
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